Τον καιρό που βασίλευε ο Λέων ο Ισαυρός, ο οποίος πολέμησε την ορθοδοξία, ο Θεόφιλος έκρινε ότι έπρεπε να βρεθεί στο κέντρο της μάχης. Έτσι αφήνοντας την σκήτη του άρχισε να κηρύττει υπέρ της Ορθοδοξίας. Γι’ αυτό το έργο του φυλακίσθηκε στη Νίκαια και εκβιάστηκε με ραβδισμούς και αλλά βασανιστήρια για να αρνηθεί την πίστη του.
Ήταν 2 Ιουνίου 1979 απόγευμα. Ο Γέροντας είχε μόλις μεταφέρει τα πράγματά του στο κελλί της Παναγούδας χωρίς να προλάβει να τα τακτοποιήσει. Ετοιμαζόταν για τον εσπερινό και ρώτησε τον μοναχό που τον βοηθούσε ποιος άγιος εόρταζε την επόμενη ,αλλά εκείνος δεν θυμόταν. Του είπε ότι αύριο που θα έρθει θα του πει και έφυγε βιαστικός, γιατί σουρούπωνε.
Στην συνέχεια, αφού είδε οπτασία, προσήλθε στον Επίσκοπο Θεόδοτο και βαπτίσθηκε. Η οπτασία ήταν η εξής: Παρατηρούσε Άγγελο Θεού να οδηγεί αυτήν προς τον ουρανό και άλλους Αγγέλους να τη συγχαίρουν, ενώ την ίδια στιγμή κάποιος μαύρος ούρλιαζε και έλεγε ότι αδικείται πάρα πολύ, επειδή η Ευδοκία έγινε Χριστιανή.
Κήρυξε, δηλαδή, το λόγο του Θεού, στάσου επιτηρητής και καθοδηγός στους ακροατές σου, όχι μόνο σε κατάλληλες περιστάσεις, αλλά και σ’ εκείνες που φαίνονται ακατάλληλες περιστάσεις, έλεγξε, επίπληξε, παρηγόρησε με κάθε μακροθυμία και με κάθε μέθοδο διδασκαλίας.
Ενώ αρχικά καθαιρέθηκε και αναθεματίσθηκε από τη ψευδοσύνοδο της Ιερείας το 754 μ.Χ., στην συνέχεια δικαιώθηκε και εξυμνήθηκε από την Ζ’ Οικουμενική Σύνοδο το 787 μ.Χ., η οποία καταδίκασε τους εικονομάχους και αναστήλωσε τις ιερές εικόνες. Επί της Πατριαρχίας του Αγίου, συμπληρώθηκε από τον Άγιο Ανδρέα Κρήτης ο Ακάθιστος Ύμνος.