Με την έναρξη της επαναστάσεως, το 1821, πάλι καταστρέφεται ολοσχερώς από τους κατακτητές, αλλά με τις άοκνες εργασίες των μοναχών ξαναχτίζεται. Στη συνέχεια και καθ’ όλη τη διάρκεια του Μακεδονικού αγώνα η Μονή έγινε η γέφυρα για τη μετακίνηση των Μακεδονομάχων και των πυρομαχικών από τη νότια Ελλάδα προς το βάλτο των Γιαννιτσών.
Κατά την επανάστασιν του 1821 στο Μοναστήρι αυτό συνεδρίαζαν οι Προεστώτες και οι Ναυμάχοι, οι Καπεταναίοι και ο Λαός. Έγινε το κέντρο για την απελευθέρωση του Γένους μας, γι’ αυτό και φέρει το προσωνύμιο «Ναυαρχείο».
ε μία περίοδο που το Ελληνικό κράτος αδυνατούσε να γίνει η μεγάλη μητρόπολη που θα σκέπαζε στην αγκαλιά της το λαό, οι ιερές μονές με την πίστη στην Ορθοδοξία, την πατρίδα, τις αξίες, και με εφάμιλλη δύναμη στο θέλημα του Θεού, αντικαθιστούσαν στα μάτια του λαού το κράτος. Η μονή φάνταζε – ας μας επιτραπεί η έκφραση – σαν «η μάνα» της περιοχής.
Είπε στη Λαμπρινή : « Να πας, χριστιανή , στο χωριό σου και να πεις στον παπα-Μιχαήλ και στους δυο γέροντες του χωριού να έρθουν εδώ και να οικοδομήσουν το σπίτι μου (να κτίσουν ναό ) και εδώ γύρω από το σπίτι μου να κτίσουν το χωριό τους και θα έχουν έτσι την παντοτινή μου προστασία ».
Το κωφάλαλο παιδί όχι μόνο άκουσε τα όσα είπε η άγνωστη γυναίκα, αλλά μόλις έτρεξε έντρομο στον Άγιο και στους τεχνίτες, λύθηκε η γλώσσα του και διηγήθηκε τα συμβάντα. Έσπευσαν τότε ο Άγιος και οι τεχνίτες και αντίκρυσαν με ιερό δέος την εικόνα, η οποία είχε αποτυπωθεί αχειροποίητα στη σανίδα και άστραπτε ολόκληρη, σκορπώντας γύρω της κοκκινωπο φώς.
Μετά το τέλος λοιπόν αυτής της αγρυπνίας και απέναντι απ΄ αυτήν την εικόνα συνέβη μια φορά να έχει αποκοιμηθεί ελαφρά στο στασίδι του ο κουρασμένος πρωτοψάλτης της Λαύρας και τέως αρχιμουσικός του παλατιού άγιος Ιωάννης ο Κουκουζέλης, όταν είδε μπροστά του την Παναγία να του ανταποδίδει το “Χαίρε” και να του λέει:
Τη νύχτα της 9ης προς τη 10η Σεπτεμβρίου 1943 μ.Χ. λίγα μέτρα πιο κάτω από την εκκλησία της Παναγίας, τα γερμανικά τανκς ακινητοποιήθηκαν χωρίς να υπάρχει κανείς φανερός λόγος. Όπως εξιστόρησε ο επικεφαλής του γερμανικού αποσπάσματος Χόφμαν, η μορφή της Παναγίας φανερώθηκε στο νυχτερινό ουρανό.
Σύμφωνα με την παράδοση, οι κάτοικοι βρήκαν την εικόνα της Παναγίας πάνω σε ένα δέντρο του οποίου το είδος δεν καθορίστηκε ποτέ και βεβαίως δεν υπάρχει πια. Το ονόμασαν «αγιόδεντρο» και έχτισαν το ναό γύρω στον 10ο αιώνα. Ο ναός είναι αφιερωμένος στην Παναγία και απολαμβάνει το μοναδικό προνόμιο της αγιογράφησης του τέμπλου απο τον Φώτη Κόντογλου.
Στο σημείο που κτίστηκε η μονή, σύμφωνα με τη παράδοση υπήρχε παλιότερα ένα ασκηταριό καλογέρων. Λέγεται πως κάποτε μια εικόνα της Παναγίας από το χωριό Κωστάνιανη κάθε βράδυ έφευγε από την εκκλησία του χωριού. Το πρωί οι καλόγεροι του ακηταριού την έβρισκαν στη περιοχή τους. Οι ίδιοι την επέστρεφαν στο χωριό αλλά αυτή την επομένη βρισκόταν και πάλι στο ασκηταριό. Το γεγονός επαναλήφθηκε αρκετές φορές, ώσπου αποφασίστηκε το κτίσιμο της Μονής στο σημείο όπου βρισκόταν η εικόνα.
Άλλο ένα λαμπρό δείγμα της δόξας και της θρησκευτικότητας των φίλεργων χριστιανών της Βυζαντινής Άρτας και των Κομνηνοδουκάδων δεσποτών τους. Είναι κτισμένο αντικριστά στο ερειπωμένο παλάτι των Κομνηνών στο κάστρο, κλείνοντας στους κόλπους του δυο βασιλικές σαρκοφάγους.
Ο εκκλησιάρχης πέρασε την υπόλοιπη ζωή του σ΄ ένα στασίδι απέναντι από την εικόνα θρυνώντας το φοβερό αμάρτημά του και πριν πεθάνει πήρε την συγχώρηση από την ίδια την Παναγία, που του ανάγγειλε όμως, όπως προηγουμένως και στον ηγούμενο, ότι το βλάσφημο χέρι του θα υφίστανταν παραδειγματική τιμωρία μετά θάνατον.
Ο στρατηγικής σημασίας χώρος του Γουλά είχε φιλοξενήσει κτίσματα, ασκητήρια και εκκλησίδια διάσπαρτα μέσα στις σπηλαιώδεις πτυχές του. Στα ανατολικά της μονής, στους πρόποδες του Γουλά, οι Βυζαντινοί έκτισαν ένα ναό προς τιμήν της Αναλήψεως του Χριστού. Βρίσκεται εντός του φυσικού σπηλαίου και είναι πλέον ερειπωμένος. Έχουν εντοπιστεί κατάλοιπα κτισμάτων και οχυρώσεως στον αυχένα του απότομου όρους, ένδειξη προϋπάρχοντος οικισμού.
Από τα βυζαντινά χρόνια υπήρχε στον τόπο τούτο ανδρικό Μοναστήρι, απομεινάρι του οποίου είναι το εκκλησάκι της Ζωοδόχου Πηγής, του 14ου αιώνα, στο οποίο κατά την παράδοση βρέθηκε η Θαυματουργός εικόνα του Ευαγγελισμού, μικρή σε μέγεθος και λαϊκής τέχνης. Το Μοναστήρι αυτό καταστράφηκε από τους Τούρκους και οι μοναχοί έγιναν ομολογητές και μάρτυρες της πίστεως.
Ἡ Ἱερά Μονή φαίνεται ὅτι ἔπαιξε σπουδαῖο ρόλο στόν ἀπελευθερωτικό ἀγώνα τοῦ 1821. Ἡγούμενος αὐτά τά χρόνια ἦταν ὁ Ἱερομόναχος Ἄνθιμος Γεωργίου(1799-1843). Ὅταν οἱ Βαυαροί τό 1833 ἔκλεισαν μέ διάταγμα πάνω ἀπό 400 Μοναστήρια ἡ Ἱερά Μονή Πελαγίας κρίθηκε διατηρητέα,ὅπως φαίνεται σέ ἔγγραφα πού βρίσκονται στά ἀρχεῖα τοῦ Κράτους.
ίναι ένα από τα πιο εντυπωσιακά μοναστήρια της Ηπείρου καθώς είναι σκαρφαλωμένο στο κοίλωμα ενός ψηλού κατακόρυφου βράχου. Ο ασφαλτοστρωμένος δρόμος φθάνει ως τη βάση του βράχου και από εκεί ένα μονοπάτι σκαλισμένο στο βράχο και μια ξύλινη γέφυρα, οδηγούν στο μοναστήρι.
Αυτή η εικόνα της Θεοτόκου ήταν το μόνο αντικείμενο που σώθηκε από μια φοβερή πυρκαϊά, η οποία κατέστρεψε ολόκληρο, ένα μετόχι της μονής στην Κρήτη. Μεταφέρθηκε στη μονή, όπου εξακολουθεί να επιτελεί πολλά θαύματα, όπως μαρτυρείται από τους πατέρες της μονής και τους προσκυνητές.
Η αγία αυτή εικόνα χάριτι Θεού άρχισε κάποτε να βλύζει μύρο γι΄ αυτό και από τότε ονομάζεται Μυροβλύτισσα. Ενεργεί πολλά θαύματα σ” όσους προστρέχουν σ΄ αυτήν με ευλάβεια και επικαλούνται θερμά τη βοήθεια της Αειπαρθένου.
Λίγο πιο κάτω υπάρχει κι άλλο πλίνθινο συμπίλημα Μ-Χ/Δ-Κ που κι αυτό διαβάζεται σταυρωτά: Μιχαήλ Δούκας. Απόδειξη ότι το μοναστήρι κτίστηκε από τον Δεσπότη της Ηπείρου Μιχαήλ Β’ Δούκα Κομνηνό ως έργο μετανοίας για την έκλυτη ζωή του απέναντι στη σύζυγό του Αγία Θεοδώρα την Κομνηνή, τη βασίλισσα της Άρτας.
Είναι αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου και πανηγυρίζει το Δεκαπεντεύγουστο. Με κάθε τιμή όμως εορτάζεται στις 6 Αυγούστου και η Μεταμόρφωση του Σωτήρος στην οποία ήταν αφιερωμένη η μονή αρχικά. Ο επισκέπτης και μελετητής θα συναντήσει ολοζώντανη μπροστά του την ιστορία του τόπου από τα αρχαία χρόνια μέχρι και το Βυζάντιο
Κατάκοπος, όπως ήταν, αποκοιμήθηκε για λίγο και τότε είδε σε όραμα την Παναγία μέσα από την Αγία Εικόνα της να του λέει, ότι από τώρα και στο εξής το χέρι του θα είναι θεραπευμένο. Ο Αγιος ξύπνησε και είδε πραγματικά, ότι το χέρι του είχε αποκατασταθεί και ήταν υγιές. Από τη χαρά του φρόντισε και έβαλε αργυρό ομοίωμα του χεριού του κάτω από το αριστερό μέρος της Εικόνας της Παναγίας.
Το 1204, έτος κατά το οποίο καταλήφθηκε η Πάτρα από τους Φράγκους, βρισκόταν σε μεγάλη ακμή, γι’ αυτό και τα διάφορα ιεροπολεμικά τάγματα της Δύσεως διαπληκτίσθηκαν για την κατάληψή της. Οι Πατέρες της Ι. Μονής εξηναγκάσθησαν υπό των κατακτητών Φράγκων να επιλέξουν μεταξύ της υπακοής στον Πάπα της Ρώμης και της εξορίας. Προτίμησαν αξιεπαίνως το δεύτερο.
Ο χώρος όπου έχει κτιστεί η μονή έχει μεγάλη στρατηγική σημασία, καθώς ελέγχει τις διαβάσεις του Μαινάλου προς τη Γορτυνία, μέσω των χωριών του Φαλάνθου. Εκεί έχουν διαδραματιστεί σοβαρά πολεμικά γεγονότα, στα οποία η μονή της Παναγίας της Επάνω Χρέπας χρησιμοποιήθηκε ως φυλάκιο προστασίας.
Η Επανάσταση του 1821 υπήρξε ορόσημο για το μοναστήρι, καθώς υποστήριξε ολόθυμα τον Αγώνα συμμετέχοντας ενεργά σε καίρια ιστορικά γεγονότα της Ανατολικής Στερεάς, όπως για παράδειγμα στη μάχη της Αράχοβας το 1826.
Δέσποινα Θεοτόκε, εσύ έχεις τη δύναμη κι εμάς να διασώσεις από τη οργή του Βασιλιά, αλλά και την εικόνα σου από τον καταποντισμό. Τότε πραγματικά έγινε κάτι θαυμαστό. Ή θαυματουργή εικόνα στάθηκε όρθια στα κύματα και κατευθύνθηκε προς τη δύση
Το πιο σημαντικό κειμήλιο της Μονής (ανάμεσα σε πολλά άλλα) είναι η εικόνα της Παναγίας της Μαλεβής. Σύμφωνα με την παράδοση είναι μία από τις 70 που αγιογράφησε ο Ευαγγελιστής Λουκάς και λέγεται ότι την έφεραν στο πρώτο μοναστήρι στους Κανάλους οι κάτοικοι του Αγίου Όρους που ήρθαν να εγκατασταθούν στην Κυνουρία.
Την εικόνα της «Θεοτόκου» ανακάλυψαν στην απρόσιτη θέση όπου βρίσκεται σήμερα βοσκοί της περιοχής. Ο νέος που είχε φυγαδεύσει την εικόνα από την Προύσα όταν έμαθε που βρίσκεται έφτασε στον τόπο που είχε εντοπιστεί και θέλησε να την πάρει ξανά μαζί του.
Εκεί, όπως αναφέρεται στο ιστορικό της Μονής, «λάμπει ως πολύφωτος σελήνη, σαν άριστος κυβερνήτης και σοφός οικονόμος το διακυβερνά», φυλάσσοντας από κάθε προσβολή και επήρρεια τους ασκομένους σε αυτό οσίους πατέρες, αλλά και όσους προστρέχουν σ εκείνη με πίστη, ζητώντας την βοήθεια της.
Μία μέρα άκουσε την Παναγία να του μιλά από αυτήν την εικόνα και να του αναγγέλει (εξού και “Προαναγγελλόμενη”) ότι οι λατινόφρονες πλησιάζουν στο μοναστήρι και όποιος είναι ψυχικά αδύνατος, να κρυφτεί, ενώ εκείνοι που επιθυμούν μαρτυρικά στεφάνια ας παραμείνουν στο μοναστήρι.
Σύμφωνα με την παράδοση αιώνων κτήτορες του ναού της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής, είναι οι Άγιος Κωνσταντίνος και Αγία Ελένη. Η σημερινή μορφή του ναού αποτελεί την ιουστινιάνεια εκδοχή του, όπως τον αποκατέστησε στα χρόνια μεταξύ 1959-1966 ο αρχαιολόγος Αναστάσιος Ορλάνδος
Άκουσε τότε την Παναγία να λέει: “Υιέ και Θεέ μου, δίδαξέ τον δούλο σου, πώς να σωθεί” και να απαντά αμέσως ο Χριστός: “Ας αναχωρήσει από τη μονή και ας ησυχάσει μόνος του”. Πράγματι ο όσιος διέπρεψε στον ησυχαστικό βίο και δοξάσθηκε με το χάρισμα της θαυματουργίας. Η εικόνα που “επήκουσε” τη δέησή του βρίσκεται στο ιερό βήμα του Καθολικού της μονής.
Αφορμή για το κτίσιμο της Μονής, όπως διασώζει η παράδοση είναι η εύρεση της εικόνας με τη μορφή της Υπεραγίας Θεοτόκου. Το όνομα της μονής φημολογείται πως το πήρε επειδή τα πρώτα κτίσματα αποτελούσαν ένα φυσικό οχυρό-κάστρο και χρησίμευε (μαζί με το Αγγελόκαστρο στην γειτονική Κρήνη) ως προμαχώνας της τότε κατοικημένης περιοχής.
Η παράδοση θέλει τους κατοίκους του Ελληνικού (παλιά ονομασία Λοζέτσι) να βρίσκουν την εικόνα της Παναγίας κοντά στο χωριό στο βράχο “Τσούκα” και να χτίζουν ένα εξωκλήσι προς τιμήν της. Όμως η εικόνα κάθε βράδυ έφευγε απο το εξωκλήσι και πήγαινε στην σημερινή θέση, όπου τελικά χτίστηκε και το μοναστήρι.
Όταν πήρε την εικόνα και τη μετέφερε στη στάνη του, αυτή εξαφανίστηκε και ο βοσκός την ξαναβρήκε στη σπηλιά, όπου και κτίστηκε η Μονή. Λένε ότι η ίδια εικόνα κατά περιόδους, ιδιαίτερα τον δεκαπενταύγουστο και τις άλλες θεομητορικές εορτές, επανεμφανίζεται στους πιστούς και κατά μυστηριώδη τρόπο πάλι χάνεται.