Όμως ο δικαστής Ρεχίτ – Εφέντης, του ζήτησε να αλλάξει θρησκεία και πάλι για να φανεί ότι δεν σκότωσε λόγω θρησκευτικής αντιπαλότητας, διαφορετικά θα τον καταδίκαζε σε θάνατο. Ο Ιωάννης με θάρρος ομολόγησε το Χριστό. Για τρεις ημέρες βασανίστηκε με φρικτά μαρτύρια. Μεταξύ των άλλων πύρωσαν ένα σιδερένιο δοχείο και του το έβαλαν στο κεφάλι.
Η χορεία των Νεομαρτύρων λαμπρύνει και αυτή με το δικό της τρόπο το αγιολόγιο τη Εκκλησίας μας. Χιλιάδες άνδρες και γυναίκες, γέροντες, νέοι, ακόμα και μικρά έδωσαν την ομολογία της πίστεώς τους στο Χριστό και την επισφράγισαν με το αίμα τους και τη ζωή τους.
Μήτε την πίστη μου αρνήθηκα μήτε τη δική σας δέχτηκα. Αλλά όταν ήμουνα μικρό παιδί με πίεσαν να τη δεχθώ. Με τη θέλησή μου ποτέ δεν αρνήθηκα την πίστη μου αλλά πάντοτε Χριστιανός ήμουν και χριστιανικά ζούσα. Τη θρησκεία σας πάντοτε τη μισούσα και την μισώ και την απεχθάνομαι και δεν τη δέχομαι.
Την Πέμπτη της Διακαινησίμου ο Άγιος τελούσε αγρυπνία στον Ιερό Ναό Αγίου Γεωργίου του Τροπαιοφόρου, στη Νάουσα. Παρευρίσκονταν συμπροσευχόμενοι δίπλα του ο Σακελλάριος1 π. Δημήτριος, ο πνευματικός π. Γεράσιμος και άλλοι δυο των οποίων τα ονόματα δεν σώθηκαν. Μετά τον καθαγιασμό των Τιμίων Δώρων οργισμένοι αγαρηνοί εισέβαλαν στον ναό και κατεσφαγίασαν πολλούς πιστούς, τον Άγιο Ιωάννη και τους υπόλοιπους τέσσερις ιερείς.