Σύμφωνα με την παράδοση αιώνων κτήτορες του ναού της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής, είναι οι Άγιος Κωνσταντίνος και Αγία Ελένη. Η σημερινή μορφή του ναού αποτελεί την ιουστινιάνεια εκδοχή του, όπως τον αποκατέστησε στα χρόνια μεταξύ 1959-1966 ο αρχαιολόγος Αναστάσιος Ορλάνδος