Τότε ο Νικηφόρος συνελήφθη και οδηγήθηκε ενώπιον του βαλή της Κρήτης, στο Χάνδακα (Ηράκλειο), του Μουσταφά Πασά. Η υπόθεση παραπέμφθηκε στο Ιεροδικείο, ενώπιον του οποίου ο Μάρτυρας ομολόγησε με γενναιότητα την πίστη του στον Χριστό. Η απόφαση ήταν καταδικαστική.
Άγιος Νικηφόρος Νεομάρτυρας εκ Κρήτης