Όμως ο δικαστής Ρεχίτ – Εφέντης, του ζήτησε να αλλάξει θρησκεία και πάλι για να φανεί ότι δεν σκότωσε λόγω θρησκευτικής αντιπαλότητας, διαφορετικά θα τον καταδίκαζε σε θάνατο. Ο Ιωάννης με θάρρος ομολόγησε το Χριστό. Για τρεις ημέρες βασανίστηκε με φρικτά μαρτύρια. Μεταξύ των άλλων πύρωσαν ένα σιδερένιο δοχείο και του το έβαλαν στο κεφάλι.
Άγιος Ιωάννης «Αρναουτογιάννης» ο Δραγάτης ο Νεομάρτυρας