Το 1821 πυρπολήθηκε ο ναός και “έμεινεν ερείπιον σωζόμενου μόνον του μέρους του ιερού Βήματος και του τρούλλου ετοιμόρροπου” καθώς μας πληροφορεί ο Σεραφείμ. Στα χρόνια 1867-1871 έγινε ριζική ανακαίνιση του ναού με εκτεταμένες επισκευές, συμπληρώσεις και ανακατασκευές, οπότε το μνημείο πήρε τη σημερινή του μορφή.
Ιερά Μονή Παναγία Μπρυώνη – ΑΡΤΑ