Με τις υπ’ αρίθμ. 1749 και 1750 αποφάσεις της Ολομελείας του Συμβουλίου της Επικρατείας κρίθηκε αντισυνταγματική μετά την απόφαση Φίλη και η υπουργική απόφαση Γαβρόγλου για το μάθημα των Θρησκευτικών. Τα επίδικα προγράμματα σπουδών, σύμφωνα με το ΣτΕ, «όπως προκύπτει από τους σκοπούς και το περιεχόμενό τους, δεν αποβλέπουν στην ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης των Ορθόδοξων μαθητών, διότι τα μεν προγράμματα του Δημοτικού και του Γυμνασίου δεν περιέχουν ολοκληρωμένη -και διακριτή έναντι άλλων δογμάτων και θρησκειών- διδασκαλία των δογμάτων, ηθικών αξιών και παραδόσεων της ορθόδοξης εκκλησίας, το δε πρόγραμμα του Λυκείου είναι αποσυνδεδεμένο από τη διδασκαλία αυτή».
Αντιθέτως, δίδεται ιδιαίτερη έμφαση είτε στην προβολή στοιχείων κοινών με τη διδασκαλία άλλων δογμάτων και θρησκειών (Δημοτικό-Γυμνάσιο) είτε στη διδασκαλία διαφόρων ηθικών και κοινωνικών ζητημάτων, τα οποία είτε είναι αντικείμενο κυρίως άλλων μαθημάτων (Δημοτικό-Γυμνάσιο) είτε είναι άσχετα ή και αντίθετα με την ορθόδοξη χριστιανική διδασκαλία (Λύκειο). Κατόπιν τούτων, κρίθηκε από την Ολομέλεια του ΣτΕ ότι τα επίδικα προγράμματα σπουδών έρχονται σε αντίθεση με τα άρθρα 16 παρ.2 και 13 παρ.1 του Συντάγματος, με το άρθρο 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτοκόλλου της ΕΣΔΑ και με την αρχή της ισότητας (άρθρο 4 παρ. 1 του Συντάγματος, άρθρα 14 και 9 της ΕΣΔΑ).
Οι αποφάσεις αυτές έρχονται να δικαιώσουν τις σχετικές προσφυγές αλλά και εν γένει τις καταγγελίες της Πανελληνίου Ενώσεων Θεολόγων, Μητροπολιτών αλλά και πλήθους γονέων και μαθητών για το θέμα. Η ηγεσία του Υπουργείου Παιδείας οφείλει να αποκαταστήσει τη νομιμότητα και να διασφαλίσει τα δικαιώματα γονέων και μαθητών. Τα βιβλία – φάκελοι του Μαθήματος Θρησκευτικών που έχουν ήδη μοιραστεί στα σχολεία είναι επικίνδυνα για τον ψυχικό κόσμο των μαθητών, ιδίως των μικρών ηλικιών και ως εκ τούτου πρέπει να αποσυρθούν άμεσα. Η αποχριστιανοποίηση της κοινωνίας μας, σε συνδυασμό με την κατάλυση του αξιακού συστήματος ηθικών κανόνων που συνοδεύουν την Ορθόδοξη Πίστη μας έχει οδηγήσει πλήθος νέων στο Μηδενισμό και τη χώρα μας αντιμέτωπη με φρικτά περιστατικά και εγκλήματα που έως πρότινος ήταν αδιανόητα. Η αποκατάσταση του μαθήματος των Θρησκευτικών ώστε να αποκτήσει εκ νέου ομολογιακό χαρακτήρα είναι παλλαϊκή απαίτηση και η πρόσφατη λαϊκή εντολή που έλαβε η Κυβέρνηση υπήρξε καταδικαστική για τους υπαιτίους της Υπουργικής Απόφασης Γαβρόγλου και πολύ σαφής για το τι πρέπει να γίνει.