Tο Βαθύ είναι η πρωτεύουσα της Ιθάκης και έδρα της περιφερειακής ενότητας Ιθάκης. Σύμφωνα με την απογραφή του 2011 έχει 1.920 κατοίκους. Βρίσκεται στο νότιο μέρος του νησιού, στο βάθος ενός κόλπου που σχηματίζει ένα φυσικό λιμάνι. Στον κόλπο βρίσκεται επίσης η νησίδα Λαζαρέτο. Η ονομασία «Βαθύ» οφείλεται στο γεγονός ότι βρίσκεται στο επίπεδο της θάλασσας και περιβάλλεται από ψηλά βουνά και λόφους, ανάμεσα στα οποία και το ψηλότερο βουνό της Ιθάκης, ο Νήριτος.
Το Βαθύ ταυτίζεται με τον αρχαίο λιμένα του Φόρκυνος, όπου σύμφωνα με την Οδύσσεια, οι Φαίακες άφησαν τον κοιμισμένο Οδυσσέα. To Βαθύ κατοικήθηκε για πρώτη φορά τον 17ο αιώνα, καθώς πιο πριν οι επιθέσεις των πειρατών το καθιστούσαν αυτό αδύνατο. Όταν η Ιθάκη πέρασε σε γαλλική κατοχή το 1797, το Βαθύ έγινε η πρωτεύουσα της Ιθάκης. Το 1807 κατασκευάστηκε από τους Γάλλους στον λόφο Λούτσα πάνω από το λιμάνι ένα κάστρο.
Το μεγαλύτερο μέρος της πόλης καταστράφηκε από τους σεισμούς του 1953 και ξανακτίστηκε, διατηρώντας όμως την παραδοσιακή επτανησιακή αρχιτεκτονική της. Το 1982 ανακηρύχθηκε διατηρητέος οικισμός. Στο Βαθύ βρίσκονται δύο μουσεία: το Αρχαιολογικό Μουσείο Βαθέως Ιθάκης και το Ναυτικό – Λαογραφικό Μουσείο Ιθάκης. Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζει ευρήματα από τα Γεωμετρικά μέχρι και τα Ρωμαϊκά χρόνια που βρέθηκαν σε ανασκαφές σε όλο το νησί. Μάλιστα κάποια από αυτά τα αγγεία κατασκευάστηκαν από τοπικό εργαστήριο.
Τα σημαντικότερα ευρήματά του είναι ένα δακτυλιόσχημο αγγείο της ύστερης γεωμετρικής περιόδου και μια αναθηματικά περιγραφή των αρχαϊκών χρόνων. Το Ναυτικό – Λαογραφικό μουσείο ιδρύθηκε το 1997 και περιλαμβάνει πάνω από 1.500 εκθέματα. Στεγάζεται στο κτίριο του πρώην Ηλεκτρικού Σταθμού Παραγωγής Ηλεκτρικής Ενέργειας, ο οποίος έκλεισε το 1967.